BP3MI DKI Jakarta sebagai Unit Pelaksana Teknis di Lingkungan Badan Pelindungan Pekerja Migran Indonesia (BP2MI) berada dibawah dan bertanggung jawab kepada kepala BP2MI melalui Sekertaris Utama secara administrasi dan melalui Deputi secara teknis sesuai dengan bidang tugas masing - masing